搜狗做题网怎么筛选目的基因,做PCR验证?
来源：学生作业帮 编辑：搜狗做题网作业帮 分类：综合作业 时间：2024/06/16 16:20:41
怎么筛选目的基因,做PCR验证?
快毕业了,在弄毕业课题,有点老火,
我们是做体质问题的,比如我们设定正常体质是A,异常体质有三种,B,C,D.
我们在前期用基因芯片技术已经对各组进行了基因检测.然后用SAM软件,假阳性控制在0,筛选差异基因.
目前发现A体质与BCD的体质共有170多条差异基因,涉及的GO也有很多.
A体质与B体质差异有13条差异基因,A体质与C体质差异有10条基因,A体质与D体质差异基因是3条.
但是经费与时间有限,我们要做的基因只是有限的数目,就是怎么选取目的基因以做PCR?
比如170多条基因,我们怎么选取目的基因以来验证?目前我想的方法有2种,1：就是在SAM中调整那个DELAT值,把基因数目缩小到10条以内.2：就是通过GO的分子功能分析,做感兴趣的功能的相关基因.
给点建议,哪种方法最佳?
快毕业了,在弄毕业课题,有点老火,
我们是做体质问题的,比如我们设定正常体质是A,异常体质有三种,B,C,D.
我们在前期用基因芯片技术已经对各组进行了基因检测.然后用SAM软件,假阳性控制在0,筛选差异基因.
目前发现A体质与BCD的体质共有170多条差异基因,涉及的GO也有很多.
A体质与B体质差异有13条差异基因,A体质与C体质差异有10条基因,A体质与D体质差异基因是3条.
但是经费与时间有限,我们要做的基因只是有限的数目,就是怎么选取目的基因以做PCR?
比如170多条基因,我们怎么选取目的基因以来验证?目前我想的方法有2种,1：就是在SAM中调整那个DELAT值,把基因数目缩小到10条以内.2：就是通过GO的分子功能分析,做感兴趣的功能的相关基因.
给点建议,哪种方法最佳?
我本人没具体做过信息学,有个师弟以前做过,就我薄弱的了解,我觉得其实你自己想的方法已经是正道了.
由于你现在是时间有限,虽然你调高SAM参数有可能漏掉关键基因,但应该会缩小目的基因范围.用GO分析也是个好办法,你已经有了前期的基础,你完全可以把GO做丰富点,把pathway和网络分析耐心做做.
把这两种途径结合起来,只要你的实验没问题,一步步的来,范围就比较明确了,同时这两者之间的交集就是你的重点.
由于你现在是时间有限,虽然你调高SAM参数有可能漏掉关键基因,但应该会缩小目的基因范围.用GO分析也是个好办法,你已经有了前期的基础,你完全可以把GO做丰富点,把pathway和网络分析耐心做做.
把这两种途径结合起来,只要你的实验没问题,一步步的来,范围就比较明确了,同时这两者之间的交集就是你的重点.